巨大的蛋白质相互作用数据库可以挽救生命


Roxanne Khamsi研究人员表示,第一次大规模分析蛋白质如何在细胞内相互作用可能有助于生物学家识别与人类疾病有关的新基因突变这项艰苦的分析迄今已回顾了25,000种蛋白质相互作用,表明重要蛋白质不一定与许多其他蛋白质相互作用为了构建这种“interactome”,美国约翰霍普金斯医学院的Akhilesh Pandey和他的同事们与印度班加罗尔的大约70名生物学家一起工作三年前,Pandey在班加罗尔帮助建立了非营利性生物信息学研究所,在那里他们对科学文献进行了调查,从研究论文中提取了蛋白质相互作用的结果,并将这些研究结果编入电子数据库他们的成功在科学界得到了注意 “他们拥有最完整的蛋白质相互作用之一,”美国波士顿哈佛医学院的弗里茨罗斯说该团队已开始分析可自由访问的数据库中包含的信息,称为人类蛋白质参考数据库他们发现令他们感到惊讶的是:疾病相关蛋白 - 被认为在正常工作时具有重要的细胞功能 - 并不一定与其他蛋白质有大量的相互作用作者说,例如,给定的结构蛋白可能有大约200个相互作用伴侣,并且与人类疾病没有已知关系但激素结合蛋白PPAR-gamma只有20个已知的相互作用伙伴,并影响糖尿病和结肠癌等疾病潘迪说,这与人们长期以来认为特定蛋白质的相对重要性反映在与其他蛋白质的相互作用有关对数据库中包含的大约10,000个此类基因的1077个疾病相关蛋白编码基因的分析也表明,受遗传性疾病影响的基因编码的蛋白质更可能与已知导致类似疾病的蛋白质相互作用这组作者说,这可能有助于指导科学家在被认为涉及多种基因(如心血管疾病)的疾病中寻找携带疾病的基因他们还将数据库中的25,000种人类蛋白质 - 蛋白质相互作用与这些物种的相互作用组中的16,000种酵母,5500种蠕虫和25,000种苍蝇蛋白质 - 蛋白质相互作用进行了比较到目前为止,科学文献中只记录了16种此类相互作用,这四种物种共有四种期刊参考文献:
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